Po zajęciu Warszawy Niemcy, ewidencjonując zapasy surowców i żywności w mieście, objęli sekwestrem wszystkie zapasy ziarna kakaowego fabryki i – oczywiście - zabronili sprzedaży wyrobów czekoladowych ludności polskiej. Czekolada miała być odtąd „nur fu”r Deutsche”. Dyrekcja fabryki jednak nie ujawniła wszystkiego, co pozwoliło jej omijać narzucone przez Niemców plany produkcyjne i zawsze mieć do dyspozycji pewną ilość wyrobów czekoladowych poza kontrolą okupanta. Wydawano z nich pracownikom słodkie deputaty w naturze i sprzedawano je ludności poza systemem kartkowym. Te ukryte nadwyżki produkcji były też niezwykle cennym i skutecznym środkiem na wykupywanie aresztowanych ludzi z rąk Gestapo. Ponieważ Niemcy były państwem socjalistycznym, w którym doktryna również poczynała sobie brawurowo, przeto „Zjednoczenie Gospodarki Cukrem i Słodyczami” narzucało plany i normy, w tym dopuszczalne ubytki przy produkcji. To pozwalało na oszczędności surowców /mąki, cukru, tłuszczów/, którymi wspierano załogę. Deputaty żywnościowe i cukiernicze pozwoliły na handel na czarnym rynku, dzięki któremu pracownicy Wedla mogli zaopatrywać się w inne, niezbędne do życia artykuły, jak skórę podeszwową, buty, kalosze, mydło itp. Pieniądz bowiem tracił na wartości i najlepszym środkiem płatniczym był konkretny towar. Miesięczny deputat w czasie okupacji dla pracowników zawierał: 2 kg cukru, 3 kg mąki, ½ l oleju, ½ l wódki, 1 kg marmolady, papierosy i 8 kg landryn i karmelków. Talony deputatowe chętnie wykupywali hurtownicy, zaopatrując w cenny towar sklepy. „Nielegalne” transakcje pozwoliły dyrekcji na ponowne uruchomienie stołówki, która w okresie zimowym wydawała dodatkowo zupy regeneracyjne. Zbyt dociekliwych inspektorów niemieckich /socjalizm bez inspektorów – jak wiemy – nie może istnieć/ kontrolujących zakład przekonywano skutecznie słodkimi paczkami. Co było bardzo ważne, ponieważ dyrekcja, omijając niemieckie przepisy i narzucane normy, balansowała na cienkiej linie, mając w gronie załogi kilku folksdojczów i konfidentów. Jeden z nich został zlikwidowany na terenie fabryki przez podziemie. Wykupywano również pracowników, którzy wpadali w łapankach w Warszawie. Niestety, nie zawsze udawało się zapobiec wszystkim aresztowaniom, wywózkom do obozów koncentracyjnych, czy rozprawianiu się Niemców z podziemiem – w pierwszym roku okupacji Niemcy aresztowali i zamordowali siedmiu członków klubu „Rywal”. Fabryka zaczęła również nielegalnie kupować znaczne ilości pszenicy, z których na fabrycznych urządzeniach wytwarzano mąkę i pieczono chleb, rozdzielany między pracowników. Z poukrywanych i wygospodarowanych ponad normy surowców – a przypomnijmy, iż czekoladę mógł Wedel produkować jedynie dla Niemców, dla Wehrmachtu – produkowano czekolady i rozmaite wyroby, które wysyłano w paczkach do jeńców wojennych w stalagach i oflagach, a także, wraz z produktami żywnościowymi, do więźniów obozów koncentracyjnych. Wspomagano również ludzi kultury i nauki – ze stałej pomocy Wedla korzystało stale około stu osób z tych środowisk. Wedel objął patronatem również Szpital Ujazdowski. Przy fabryce założono także… hodowlę świń. Połowę mięsa miała otrzymywać administracja niemiecka, a reszta służyła pracownikom wedlowskim. Na swoich terenach, zakupionych przed wojną, Dr Wedel wytyczył pracownikom 160 działek pod uprawę warzyw. Poza bezpośrednim „wykupem” ludzi z Gestapo za słodkie łapówki, Wedel również wyciągał pracowników z obozów koncentracyjnych, jako „niezbędnych fachowców do produkcji”. Bo przecież skoro jego fabryka produkowała dla Wehrmachtu, to fachowcy byli nieodzowni i ten argument, wraz ze słodkimi paczkami, były dostateczne. Doktor załatwiał również karty pracy w Arbeitsamcie, co chroniło pracowników przed wywózką na roboty przymusowe do Niemiec. Na skutek osobistej inicjatywy dra Wedla – wobec dramatycznej, niemieckiej polityki oświatowej narzuconej Polakom - wprowadzono na terenie fabryki tajne nauczanie dla dzieci pracowników przez specjalnie zatrudnioną nauczycielkę. Szkoła funkcjonowała pod nazwą „przedszkola dla dzieci starszych”.
Jan Wedel dużo ryzykował, jego fabryka była bowiem włączona do grona dostawców wojskowych , a więc i kontrola była surowsza - uzbrojone patrole pojawiały się na terenie fabryki coraz częściej. Był jednak w dalszym ciągu właścicielem i wszystkie powyższe decyzje należały do niego. Istotnym kłopotem Jana Wedla był stały nacisk Niemców, by wpisał się na Volkslistę, jako, naturalnie, Reichsdeutsch /najwyższa grupa Volkslisty/. Niemcom bardzo na tym zależało i swoje naciski na Wedla /z pochodzenia przecież Niemca, przedsiębiorcy o ogromnych osiągnięciach/ powtarzali wielokrotnie, kusząc go wieloma ułatwieniami, zwolnieniami, przywilejami, w tym lepszą sytuacją zatrudnionych w fabryce pracowników. Wedel – z serca przecież Polak – wykręcał się skutecznie. Ów wówczas sześćdziesięciokilkuletni pan twierdził: „Od kilkudziesięciu lat chodzę po fabryce wśród swoich ludzi i oni wiedzą, że jestem Polakiem, a teraz, mając już siwe włosy, miałbym przyjść do nich i powiedzieć, że to była nieprawda, że ja oszukiwałem ich przez kilkadziesiąt lat. Czy mógłbym pójść do nich, spojrzeć im w oczy i chcieć od nich, ażeby mieli do mnie w dalszym ciągu zaufanie? Takie posunięcie uniemożliwiłoby mi dalsze kierowanie fabryką”. Wersji tej trzymał się uparcie i w końcu Gestapo dało za wygraną. Kosztowało to go jednak utratę willi w Konstancinie i kompleksu budynków przy ul. Puławskiej, zarekwirowanych przez Niemców.
Na Pradze, gdzie powstanie stłumiono po zaledwie kilku godzinach, Niemcy rozpoczęli rabunek zasobów fabryki, demontaż urządzeń i maszyn, wywózkę pracowników do obozów i wysadzanie w powietrze budynków. Nieliczna już załoga, z wielkim poświęceniem rozbrajając niektóre z założonych ładunków i upijając żandarmów niemieckich spirytusem, zdołała ocalić część fabryki. Jednakże szkody wyrządzone przez wycofujących się Niemców znacznie przewyższyły te z obrony Warszawy, z 1939 roku. Z samych zapasów Niemcy wywieźli około „100 ton cukru, 500 ton marmolady, 300 ton mąki, 50 ton syropu kartoflanego, klika ton miodu, 8 ton migdałów, 10 ton orzechów laskowych, 2 tony rodzynek, 2000 litrów spirytusu, 500 kg ananasów w puszkach i wiele innych bezcennych surowców”. Bilans zniszczeń wyniósł: „w parku maszynowym 70%, w budynkach 30%, silosownia została zniszczona w 100%, instalacje elektryczne w 70%, parowe i wodne w 15%.”
Po wyzwoleniu Warszawy Jan Wedel pospieszył na Pragę, do swojej ukochanej fabryki. Za zgodą wspomnianego Spychalskiego, prezydenta stolicy, został przyjęty do pracy na stanowisku doradcy fachowego. Pomagał w uruchamianiu kolejnych urządzeń i działów, pomagał w odbudowie zrujnowanych hal fabrycznych, poręczył bankową pożyczkę na odbudowę, dając w zastaw ocalałą kamienicę na ul. Puławskiej. Zachował jeszcze swój gabinet, ale wszystko trwało tylko kilka miesięcy. Któregoś dnia w dyrekcji pojawili się dwaj mężczyźni po cywilnemu, weszli do gabinetu Wedla i spoliczkowali właściciela fabryki. Odtąd Jan Wedel nie miał już wstępu na jej teren. Zabroniono mu także mieszkać w domu przyfabrycznym na Zamoyskiego, skąd go brutalnie i ostentacyjnie wyrzucono. Przygarnął go stróż w oficynie kamienicy na Szpitalnej. Dygnitarze partyjni natychmiast też zawłaszczyli domy Wedla, a z willi Wedlów w Konstancinie, gdzie w końcu chwilowo małżeństwo leciwych już przecież ludzi znalazło schronienie, wyrzucił Jana i jego żonę sam generał Aleksander Zawadzki, który w niej zamieszkał. Szykany i represje dotknęły całą rodzinę Wedlów. Bardzo już schorowany Jan Wedel przychodził do parku, siadywał na ławeczce nad brzegiem Jeziorka Kamionkowskiego i godzinami patrzył na swoją fabrykę.